Teren Parku pocięty jest starorzeczami, kanałami i rowami. Poziom lustra rzek wyniesiony jest nad poziom morza bardzo nieznacznie, bo nie więcej niż 0,1 m. Również złoże torfowe bardzo nieznacznie wznosi się ponad wodę, nie więcej niż 0,3 m. Trochę wyższe (0,5 m n.p.m.) są małe fragmenty nietorfowe na południu Parku, gdzie występują mady. Tak niskie położenie Międzyodrza oraz porzucony system sztucznej regulacji poziomu wody powoduje, że teren parku jest swobodnie zalewany przez wzbierające wody Odry.
Śluza komorowa w Parku Krajobrazowym Dolina Dolnej Odry fot. zbiory ZPKWZ
W czasie tzw. cofek sztormowych z Bałtyku poprzez Zalew Szczeciński do wód Międzyodrza dociera słonawa woda morska. Szczególnie wysokie wzrosty stanów wód tworzą się przez nałożenie wysokiej wody w Odrze oraz jednoczesne wystąpienie cofki bałtyckiej. Zalewana jest wtedy i zamykana droga łącząca Gryfino z Mescherin. W przeszłości cały obszar torfowiska został otoczony wałami ochronnymi, które osiągają wysokość do 1,6 m n.p.m. Wały te obecnie są w znacznym stopniu zniszczone. W większości Park stanowi płaski, wyrównany teren, którego powierzchnia ukształtowała się w procesie torfotwórczym. Miejscami miąższość torfów sięga 16-20 m. Zalegające tutaj torfy należą do typu niskiego, wykształconego w dolinie rzecznej.
Kanały Parku Krajobrazowego Dolina Dolnej Odry fot. zbiory ZPKWZ
Teren Parku Krajobrazowego Doliny Dolnej Odry ma bogato rozwiniętą sieć hydrograficzną. Głównymi ciekami są Odra Zachodnia wpadająca przez Roztokę Odrzańską do Zatoki Szczecińskiej i Odra Wschodnia zwana Regalicą. Ta wije się wzdłuż wschodniej krawędzi doliny i wchodzi w końcu do jez. Dębie. Obie rzeki są żeglowne, a tor wodny biegnie Odrą Wschodnią, Skośnicą i dalej Odrą Zachodnią. Obszar Międzyodrza poprzecinany jest siecią starorzeczy utworzonych naturalnie przez rzekę Odrę oraz sztucznie wykopanych i połączonych w jeden system kanałów.
Śluza gospodarcza w Parku Krajobrazowym Dolina Dolnej Odry fot. zbiory ZPKWZ