Cały obszar Parku znajduje się w Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 obejmując dwa obszary: Dolina Dolnej Odry PLB32003 i Dolna Odra PLH320037.
Na terenie Parku znajduje się Zespół przyrodniczo-krajobrazowy „Porzecze” oraz obszar chronionego krajobrazu "A" Dębno-Gorzów.
Obszar Specjalny Ochrony Ptaków Natura 2000 „Dolina Dolnej Odry” - obszar obejmuje dolinę Odry między Kostrzynem a Zalewem Szczecińskim (dł. 150 km) wraz z Jeziorem Dąbie. Cały obszar jest ostoją ptaków o randze europejskiej. Teren szczególnie ważny dla ptaków wodno-błotnych (zarówno w okresie lęgowym, wędrówkowym i zimowiskowym), które występują tu w olbrzymich koncentracjach, np. na jesiennym zlotowisku zbiera się do 12 000 żurawi. Występują tu co najmniej 34 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej i 14 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi.
Dolna Odra PLH320037 to Specjalny Obszar Ochrony (SOO) siedlisk o znaczeniu dla Wspólnoty Europejskiej (OZW) obejmujący swym zasięgiem powierzchnię 30 458 ha. Dolina Odry (z dwoma głównymi kanałami: Wschodnią Odrą i Zachodnią Odrą), rozciągająca się na przestrzeni ok. 90 km, stanowi mozaikę obejmującą: tereny podmokłe z torfowiskami i łąkami zalewanymi wiosną, lasy olszowe i łęgowe, starorzecza, liczne odnogi rzeki i wysepki. Ostoja obejmuje również fragmenty strefy krawędziowej Doliny Odry z płatami roślinności sucholubnej, w tym z murawami kserotermicznymi oraz lasami.
Zespół przyrodniczo-krajobrazowy „Porzecze” został utworzony w 1997 i chroni urozmaicony krajobraz doliny rzecznej wraz z jej naturalnymi rozlewiskami oraz najwyższymi w Dolinie Dolnej Odry piaszczystymi wydmami śródlądowymi. Świat fauny i flory to różnorodność form życia siedlisk przyrodniczych od skrajnie bogatych i żyznych wód po skrajnie ubogie w składniki pokarmowe piaszczyska wydm.
Celem powołania Obszar Chronionego Krajobrazu „A” – Dębno – Gorzów jest ochrona wartości przyrodniczych oraz przyrodniczo-rekreacyjnych doliny rzeki Myśli oraz rozległego kompleksu leśnego z postglacjalnymi rynnami zajętymi przez liczne mniejsze lub większe zbiorniki jeziorne i torfowiska mszarne.
Czajka fot. Piotr Chara
Rozlewisko Odry w okolicy Chlewic fot. Piotr Chara
Wydmy śródlądowe z charakterystyczną roślinnością napiaskową fot. zbiory ZPKWZ